Црквата „Св. Богородица“ се наоѓа на десниот брег на реката Драгор, веднаш до основното училиште „Св. Кирил и Методиј“. Таа е втора црква по големина во Битола, изградена во периодот 1870-1871 година, со голема помош на доктор Константин Мишајков и на Димитрие Робев.
Оваа црква претставува трикорабна базилика со тремови од јужната, северната и западната страна и со катни галерии. Но, за разлика од црквата „Св. Димитрија“, овде се појавува и купола во форма на луковица. Куполата, заедно со другите елементи, како што се овалните прозорци од типот на окулуси, барокната атика на северниот портал и слични елементи, јасно укажува на продорот на необарокните влијанија. Меѓутоа, тие влијанија биле локално модифицирани во традиционален тип на сакрален објект, карактеристичен за ова подрачје во XIX век.
Главна улога во интериерот има раскошниот иконостас. Тој претставува целина од дела на две различни резбарски работилници. Украсен е со библиски сцени, со човечки фигури и мотиви од растителниот и животинскиот свет. Исто така се забележуваат и претстави на митолошки суштества како: ангели, серафими, ламји, феникси и сл. Во внатрешноста на црквата се истакнува и владичкиот престол кој исто така е раскошно украсен со дрворез, а истиот е дело на непознат мијачки копаничар, кој го изработил кон крајот на XIX век. Престолот бил донесен од некоја црква од битолските села што биле под удар на фронтот за време на Првата светска војна. Во основата има два лава со раширени челусти. На ракофатот има фигури на животни, на страничните табли е со стилизирана растителна орнаментика, а во средината има медалјон со плетеница и птица феникс. Во горните делови има фигури на ламји, а најгоре купола со шестстрани отвори. Куполата завршува со резбан крст и палмети.
Црквата „Св. Богородица“, брзо по нејзиното градење, станала главна црква на Бугарската егзархија, која држела служби на бугарски јазик, како противтежа на црквата „Св. Димитрија“ каде се служело на грчки јазик.